故事的主线是从全绿斗身处荒岛却被追杀开始，从母亲病死遗言，他隐隐觉察到自己的身世不凡，先是跟着一路到了寡妇村，然后再去汉阳，最后带着对亲生父亲的失望和爱人回到了孤岛，故事的脉络十分清晰。前六集欢脱向，后面十集，一集比一集压抑，亲身父亲光海君如同患了双相情感障碍似的，无法控制心中的多疑和对权位的恋栈，绫阳君也褪去了美食博主和流连莺莺燕燕的外壳，开始专心反政的阴谋以及从全绿斗身边将董东珠带走。
仅有的甜的戏份也捉襟见肘，绿斗和东珠几乎是每集都要流泪，从前的欢快气氛随着剧情的深入，渐渐如云消雾散。
其实这不是《绿豆传》独自如此，前几年的《成均馆绯闻》和《夜行书生》也玩过变装的梗，不过那时候是女主角女扮男装，这一次除了女主角女扮男装之外，还有很长一段戏份日男主角男扮女装。初初相遇，两个人都是男子，再相遇，两个人都变成女子，当他们相爱，他们变成男人和女人。董东珠娇艳如花，而全绿豆称的上是人比花娇了。
在这里不得不称赞韩剧的镜头的调度运用，有几场戏，充分地将剪辑的功力发挥到了最大效用。
第一个交代董东珠的满门被杀惨案，董东珠回到故居，现时的董东珠跌倒在地，一群官兵冲进家门，然后一个官兵好似发现了她，拔刀去斩，镜头一换，她变成了幼年的董东珠。
第二个是董东珠在全绿斗的怂恿下去坐秋千，在一晃一荡之时，她回忆起家中祖父、父母等家人，花瓣飞舞，阳光晴暖，她站在秋千上悠悠地扬起笑容，全绿斗和祖父相似的话语，令她倍感温暖。
适时，她在秋千上照着，扬着笑，绿斗站在草地上看着她也是满面的笑容。就像《当你沉睡时》里南洪珠奔跑向丁宰璨，与其相拥，明明是很平淡的场景，却被拍得情致盎然。
全绿斗和董东珠人物角色的底色是灰暗的，前者因女巫之语被父亲杀死，在二十年后查询真相，后者因王上猜忌而家门尽屠，十二年后想要报仇，最终的结果是一个查到了真相却悲伤至极，一个有亲手杀死王上的机会，却选择放弃。他们带着仇恨而来，带着爱离开。
在电影《恋爱回旋》中，母亲富田华子对女儿富田多满子说，在自己死后，她可以放弃打乒乓球，她本意是想说反话让女儿坚持下去，而女儿像是愣头青似的直接答应了，说她早就厌烦打乒乓球了，气得富田华子两眼发直。而后，富田多满子发觉到乒乓球已经成了她生活的一部分，随后又重拾起来。
每个人都有选择自己人生的权利。绿斗对光海君是失望透顶的，他在想要杀死他的父亲的身边是惶恐而幸福的，而父亲的表现最终是令他失望的，董东珠从侥幸活下来到有机会用弓弩对准光海君已过去十二载，她心中有怨愤仇恨，最后她发现这个仇人根本不值得她费尽心思，怀恨多年。
于是，他们两个人都选择了离开汉阳这个是非之地，回到孤岛，过归隐生活。即便在绫阳君告知董东珠，全绿斗就是光海君的儿子时，她心中依然是为绿斗考虑，而没有大撒狗血，可以说是极其克制的了。
从孤岛到寡妇村再到汉阳最终返回孤岛，全绿斗像是拿着怀表到镜中漫游了一遭，探知了自己的身世真相，获得了一生的挚爱，就像剧尾说的一样，是幸福的。
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