合金装备中作为主角登场的有两个斯内克：solid snake和naked snake，前者是普遍被称为蛇叔的那个斯内克，是big boss的克隆人，因为是基因设计的产物，所以寿命是被设定成早衰的，在40岁开始身体会急剧老化，所以在合金装备4中登场是以一个老者形象登场。而后者naked snake，正是日后的big boss，传奇一般的战士。
合金装备5的故事是发生在1984年，合金装备4的故事是2014年，合金装备5发生时solid snake还只是个小孩（预告片中出现了两个小孩，其中一个是liquid snake可以肯定，另外一个是小时候的蛇叔还是bb的幻象就不确定了）。
以上说了这么多简而言之就一句话：两个斯内克不是同一个人。
实际上合金5的斯内克是第一代的BOSS，这个故事其实是一代的前传。原爆点飞机爆炸后，真正的斯内克已经藏了起来，玩家控制的其实是那个挡在斯内克前面的医疗兵。还记得游戏一开始的面部建模吗？为什么要给斯内克建模呢？显然，我们控制的不是斯内克，这也是一个佐证。当然，还有一个直接证据，游戏通关后有一个真结局，游戏过程与序章几乎一致，但是加入了很多细节，比如镜子里的脸可以看清了，就是你建模的脸，逃出翻车后，我们可以看到另一段故事，即所谓的一直守护着你的
医疗兵（真BB）提前被山猫救出，然后分别，真BB选择在暗处掌控全局，留下玩家控制的斯内克吸引火力。所以，整个游戏，其实是一场悲剧，后来本座猪脚发现了真相黑化了，然后接一代剧情，本座猪脚身死。
再说个有意思的事情吧，如果你很早就把静静的好感度刷满获得了蝴蝶徽章，并装在DD标志上，那么，静静不会走，真结局也无法触发，个人认为，这有一个隐藏含义，如果本作主角没有失去静静，那么他就不会死（当然，也有人说静静是指代小岛秀夫本人，VS--本座猪脚指代科乐美或者合金系列游戏）：第一，有静静的陪伴不至于众叛亲离（山猫米勒都反了）导致黑化，第二，一代要是BOSS身边有个静静，那还玩个蛇皮，BB绝对被锤爆。
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