肉身菩萨的形成主要是三方面的原因：
1、修行结晶
纵观现存的肉身菩萨，其生前无一不修持严谨。他们虽表现各异，有的深山苦修；有的入世行医；有的疯傻颠倒相；有的治身心于一处，一站就是三年。虽然他们修行的方式不一样，但都应机说法，利乐众生，外现凡行，内存清净。
由于他们严谨的修持，使他们的心体广大，内心清净。心无污染，行为自然高尚，他们的身体机能也随之发生了变化，潜能显现，灵异显现，有的能示现神通。这种身心的变化，是无比复杂而神奇的，戒定慧之所熏修，是佛教对肉身菩萨现象的基本解释。严谨的修持，是肉身不烂的主要原因。
2、修行者的愿心
在教内，修持严谨的高僧大德非常多，但肉身菩萨为什么这样少呢？这与修行者的愿心有直接的关系。
许多高僧在圆寂时。嘱咐将遗体火化。我曾问过一位公认的高僧，问他往坐后是否保留遗体，他说：“四大皆空，不着于相，留个臭皮囊干什么？”这是大多数修行者的观点。
至于这些肉身菩萨，他们在圆寂前嘱咐保留遗体，完全是慈悲度生的愿心。八万四千法门度八万四千种众生，这些肉身菩萨在上求佛道，下化众生的共愿之中，又发下别愿，留此肉身，以身弘法，以身说教，以身度尘，这是接引众生的一种方便。因为有些人，在看到木雕泥塑的佛菩萨时，不能产生恭敬心，认为那是假的，但在看到肉身菩萨时，觉得可亲可近，内心震撼，认为那是真的，愿意供养皈依。所以有些高僧在圆寂之前，发愿要留下肉身，顺应众生，正因为如此，从古到今。肉身菩萨不断出现。
3、遗体处理
和尚圆寂将遗体保存一段时期（最短的七天，最长的三年），看能否成为真身。其装殓方式也很特别，和尚圆寂后，将其遗体擦洗干净，盘成跏趺式装殓于特制的陶缸中，在遗体的周围塞满木炭，直至颈项，头脑部位放置石灰包，再合上缸盖涂以黄泥密封，置阴凉通风处存放。密封的陶缸隔绝空气，木炭吸取遗体内的水份使之脱水干瘪。一旦遗体腐烂散发异味，就将陶缸底部的发火孔掏开，引燃木炭火化。坐缸只是形成真身的外部条件，其内因取决于他们生前的修行道涵。长年食素不沾荤腥，注重修炼持久坐禅，必然气脉贯通，筋骨干连，加上坐化前知其大限来临，一般都是十天半月食不沾、水不进，使腹肠空空，体内脂肪和水分极少，这为死后坐缸蜕变为肉身奠定了基础。但即便如此，能成为不腐之身的也是寥寥可数。只有极少的僧尼一直保存着肉身，这样在3年后开缸，就是“肉身菩萨”了。形成肉身后，首先是妆漆，3年后再妆上金粉，这样就基本上可以把尸体与外界隔离开。
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