吴晗聪慧勤奋，他在清华求学期间便写下了《胡惟庸党案考》、《明代靖难之役与国都北迁》、《明代之农民》等一批相当有见地、在史学界有较大影响的文章。1934年吴晗毕业留校任教，开设明史和明代社会等课目，影响直追陈寅恪、张荫麟这些史学大家。
吴晗年轻时的一个重要史学成绩是关于“建州史”的研究。建州乃女真族先祖之地，努尔哈赤入关并建清王朝后，竭力否认建州曾在明朝管辖之内，并在清修《明史》中对过往历史进行篡改、伪造和歪曲。正如鲁迅指出的那样：“现在不说别的，但看雍正、乾隆两朝对于中国人著作的手段，就足够令人震惊。全毁，抽毁，删去之类也且不说，最阴险的是篡改了古书的内容。乾隆朝的纂修《四库全书》是许多人颂为一代盛事的，但他们不但搞乱了古书的格式，还篡改了古人的文章，不但藏之于内廷，还颁之于文风颇盛之处，使天下士子阅读，永不会觉得我们中国的作者里面，也曾经有过很多很有些骨气的人。”中国的历史就是这样被一页一页撕毁的。
最终考据结果表明，早在明朝就设有“建州卫”，女真族长期隶属明政府，是中华民族中一员。通过这段研究，吴晗的史学观念发生了变化，正如他在主编《益世报》史学专刊时表达的那样，一、但论是非，不论异同；二、求真；三、重视“一向不被人们所重视的正史以外的若干记载”；四、“史学是属于社会的民众的”。这表明吴晗对官修历史产生了严重质疑，他在《史学》一周年的致辞中写道：“我们认为帝王英雄的传记时代已经过去了，理想中的新史乃社会的、民众的。” 当吴晗在北京的时候，开始了自己的婚恋，他结识了清华女学长袁震。如果说胡适对吴晗的影响主要是学术上的，那么袁震不仅有学术上，更有思想上的，她的影响比胡适更为深远和有力。胡适的经年教诲被一场轰轰烈烈的爱情打得落花流水。
袁震在湖北女子师范时乃董必武学生、中共早期党员，因战乱与组织失去联系。考入清华历史系后，却因罹患肺结核长期卧床。袁震的老师吴之椿、同学梁方仲先后照料于她，后因职业变换，他们又委托已是清华教师的吴晗照料她，一来二去，两人生出几多情愫，变成了情侣。
袁震在病榻上与吴晗多有思想交流，她接受了马克思主义的观念，对吴晗所具有的“胡适史观”很不以为然，取笑道：“怎么老是在胡适面前矮三尺呢？”吴晗则答：“我在袁震面前就矮一丈了。”足见对袁震的倾心。后来吴晗也承认：“袁震对我倾向党、倾向革命、皈依马列主义起了很大作用。”袁震重病在床，又比吴晗年长3岁，如此恋情是要遭到吴晗家庭反对的。不过，吴晗顶住了各方压力，袁震也病体渐愈，两人终于1939年10月在云南结为夫妇。
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