流行性腮腺炎的发病机理是腮腺炎病毒从呼吸道进入人体以后，在局部的粘膜上皮细胞和局部的淋巴结中复制，然后进入血流播散至腮腺和中枢神经系统，引起腮腺炎和脑膜炎。
病毒在此进一步繁殖复制后再次侵入血流，形成第2次病毒血症，并侵犯第1次病毒血症未受累的器官。
因此临床上出现不同器官相继发生病变的情况。
出现有发热，疼痛以及睾丸炎等等。
受累组织也有非化脓性炎症的病理特征。表现为腺体及周围组织有充血肿胀及水肿，或者有出血点等等情况。
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