在《军师联盟》中，一开始就讲述了曹操把华佗杀了的事，也是自这时起，弹幕上总是会应景地出现“悔不该杀那华佗哟”。在历史上，华佗的死也确实像电视剧中演的那样。
《三国志》《后汉书》中记载华佗是死于政治考量
“游学徐土，兼通数经。沛相陈圭举孝廉，太尉黄琬辟，皆不就。”《三国志》的这段记载，描绘了华佗的不愿出仕的“隐士”形象。不过他并不穷居荒山，而是悬壶济世行迹满天下，算得上“隐于市”的人物。并且华佗“恃能，厌食事”，相信自己可以靠医术生活，不乐意做拿俸禄的医官。就是这样一个真隐士，曹操杀了他。
王立群先生于《百家讲坛》讲神医故事，说曹操杀华佗另有隐情：华佗不愿当侍医并托辞不给曹操看病，冒犯并触怒了曹操，于是曹操挥舞屠刀来维护自己的权威。但是，杀士如弃天下，曹操虽然多所杀戮，但无论孔融、杨修，都并非以一时之恚而轻启杀机，华佗之死，难道就只是“华佗冒犯了他”那样简单？
往深处想，除了曹操需要看病，还应该说到他“惟才是举”的用人政策。就华佗而言，虽然王立群先生下了“曹操不爱其人亦不爱其才”的断语，但是“太祖累书呼，又敕郡县发遣”，曹操对华佗才能的看重，还是明晰可见的。“佗恃能，厌食事，犹不上道。太祖大怒，使人往检。若妻信病，赐小豆四十斛，宽假限日”———至此，曹操虽然发怒了，礼贤下士的风度依然足够。再往下，就暴露了对召而不至者严厉打击的态度：“若其虚诈，便收送之”，于是“传付许狱，考验首服”。
惟才是举的实现，需要两厢情愿：一方要有号召力，一方要召而肯至，然后才能天下云集响应；若一方三顾五请，另一方无动于衷，惟才是举也就落空了。这样来看，曹操的杀机，不只因为华佗触犯了他的个人权威，而是他认为这种不合作，这种“士人召而不至”的尴尬局面，干扰其惟才是举政策的实行，政治影响极坏，是以杀之。而曹操在华佗死后，诬之“鼠辈”以否定其才，借以把华佗事件与“惟才是举”区别对待，实际上就是为他的用人政策打圆场。曹操杀佗，有其政治层面的某种考虑。
华佗被曹操杀。华佗死於公元208年,享年六七岁。
历史上华佗死的原因是在于他想做官从政，华佗自己出身是士人，他“游学徐土，兼通数经”，而后以医术精湛而名闻天下。但是，在汉代，套用句老话，还是“万般皆下品，唯有读书高”的。医生，在史书上归入《方技传》，绝无可能单列一传，从这个上面也可窥知一二。
当时的魏王曹操患有头痛病，后来尤甚。华佗医术出名，曹操遂“使佗专视”，华佗成为了曹操的“御医”，华佗看了曹操的病情后，说：“此近难济，恒事攻治，可延岁月。”意思是这个病一时难以治好，需要假以时日方可。在为曹操治疗的过程中，华佗便开始故意拖延进程，并又借口“‘当得家书，方欲暂还耳。’乃归家”，而到家以后，又假辞以妻子生病，数次逾期不归。究其本意，乃是意图要挟曹操，谋取官职。
曹操屡次手书招呼，又敕令郡县发遣，而“(华)佗恃能厌食事，犹不上道”。曹操遂“大怒，使人往检”，但是他还是小心地先求证了一下，没有就此给华佗定罪：“若妻信病，赐小豆四十斛，宽假限日；若其虚诈，便收送之”，于是华佗谎言被揭穿，下狱。
在华佗下狱后，曹操手下的头号谋臣荀彧为华佗求情，说：“佗术实工，人命所县，
宜含宥之。”而曹操不从，并说：“不忧，天下当无此鼠辈耶？”到了这个时候，曹操对华佗的鄙薄之意已然溢于言表。
作为一个医生，把为病人治病当作一个走上仕途的手段而故意拖延并以此为要挟，华佗此举实在是有损医德，是可称为无良医生，曹操对他看不起，当是在情理之中。
所以在华佗死后，曹操头风病虽然还是时时发作，但亦终不悔，并道：“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重，然吾不杀此子，亦终当不为我断此根原耳。”此话一针见血，道出了华佗的心思和华佗被杀的原因。可叹华佗一代神医，医术固然一流，只是却欲与一代雄杰的曹操玩弄权术，未免过于小瞧了曹操。
华佗由于治学得法，医术迅速提高，名震远近。正当华佗热心在民间奉献自己的精湛医术时，崛起于中原动乱中的曹操，闻而相召。原来，曹操早年得了一种头风病，每次发作均头痛难忍。请了很多医生治疗，都不见效。听说华佗医术高明，曹操就请他医治。华佗只给他扎了一针，头痛立止。曹操怕自己的病再发，就强要华佗留在许昌做自己的侍医，供他个人使唤。华佗禀性清高，不慕功利，不愿做这种形同仆役的侍医。曹操几次写信要他回来，又派地方官吏去催。华佗又推说妻子病得厉害，不肯回来。曹操为此大发雷霆，不久，华佗被抓到许昌，为曹操治病。华佗诊断之后，说：“丞相的病已经很严重，不是针灸可以奏效的了。我想还是给你服麻沸散，然后剖开头颅，施行手术，这才能除去病根。” 曹操一听，勃然大怒，认为华佗要谋害他，就把这位在中国医学上有杰出贡献的医生杀害了。
华陀是历史人物，研究他是怎么死的，是一个值得正视的问题。
有人怀疑《三国演义》中的说法有误，我个人认为是没有什么出入的。
古人讲究“臣事君以忠”，曹操能先行“发难”，又不被广大人民群众所接受，可见他“德不足以服众”。
那么，《三国演义》中所描述的，就不会有假了。
此为个人意见，真相以历史认证为准。（建议历史学家、考古学家，请不要用臆测发言） 曹操是历史上著名的政治家、军事家和文学家，但由于《三国演义》的广泛流传，曹操形象已大为走样。受《三国演义》的影响，今天的许多史学家也大都认为，华佗不仅医术高明，而且医德高尚，时刻心系天下百姓的疾苦，不肯服侍权贵，专门为曹操一个人看病，于是借口妻子病重离开了曹操，曹操屡次催他回来他都不肯，最后曹操一怒之下把他给杀了。
华佗之死责任果真全在曹操吗？华佗真的没有任何过失吗？南京审计学院教授徐少锦先生和河北省平泉民族师范学校的林振清老师认为，华佗之死责任不全在曹操，两篇论文的发表，终于解开了华佗被杀的真正原因。
曹操为何要杀掉华佗呢？《三国演义》对此的解释可谓深入人心。在该书的第七十八回中，罗贯中详细地描写了曹操杀华佗的经过。
曹操为造建始殿，亲自挥剑砍伐跃龙祠前的梨树，得罪了梨树之神，当晚做了个噩梦，惊醒之后便得了头痛顽症，遍求良医，均不见效。
后来，华歆向曹操举荐了华佗，曹操立马差人星夜将华佗请来为他看病。华佗认为曹操头痛是因中风引起的，病根在脑袋中，不是服点汤药就能治好的，需要先饮“麻肺汤”(按：也就是人们所熟知的“麻沸散”，是华佗发明的一种麻醉剂)，然后用利斧砍开脑袋，取出“风涎”，才可能去掉病根。
多疑的曹操以为华佗是要借机杀他，为关羽报仇，于是命令左右将华佗收监拷问，致使一代神医屈死在狱中，而华佗所著的《青囊书》也因此失传。
华佗本为“士人”，入仕为官才是他的人生目标，从医仅是“业余爱好”。
在中国古代社会里，“万般皆下品，唯有读书高”和“学而优则仕”是众多读书人的信条。华佗所生活的东汉时期，社会上读书做官的热潮已经达到顶点，公卿大多数是熟悉经术者，汉顺帝时太学生多达3万人，学儒读经成为社会风尚，而医药技术虽为上至帝王、下至百姓所需，但却为士大夫所轻视，医生的社会地位不高，名医弃医从政的例子很多。这种社会风尚不能不对华佗有所影响。
据《三国志·魏书·方技传》记载，华佗年少时曾经在徐州一带游学，是个“兼通数经”的读书人。徐少锦的文章认为，同当时大多数读书人一样，入仕做官也是华佗的人生目标，从医只是他的“业余爱好”。
但是，该书还记载，沛国相陈珪荐举华佗为孝廉，太尉黄琬征辟他做官，他都不去。这又是为什么呢？
林振清在文章中指出，这可能有两个原因：一是华佗才气大，颇自负，认为陈珪、黄琬荐举的官职都不大，不肯为之。二是他已经迷恋上医学，不愿为此小官而抛弃所喜好的医学。
走上从医道路后，华佗深以为耻，经常后悔，时刻等待入仕为官的机遇。
《三国志》的作者陈寿在该书的《方技传》中写道，“然本作士人，以医见业，意常自悔”，一语道破了华佗走上从医道路以后的心态。在行医的过程中，华佗深深地感到医生地位的低下。他的医术是高明的，名气越来越大，前来请他看病的高官权贵越来越多。在跟这些高官权贵的接触过程中，华佗的失落感更加强烈，性格也变得乖戾了，难以与人相处，因此，范晔在《后汉书·方术列传》中毫不客气地说他“为人性恶，难得意”。在后悔和自责的同时，他在等待入仕为官的机遇的再度降临。
利用为曹操治病的机会，两度要挟，意图求取官爵。
曹操请华佗为他治疗“头风”顽症，华佗用针扎胭俞穴位，手到病除，效果很好，《三国志》对此的记载是，“佗针鬲，随手而差。”后来，随着政务和军务的日益繁忙，曹操的“头风”病加重了，于是，他想让华佗专门为他治疗“头风”病。华佗说：“此近难济，恒事攻治，可延岁月。”意思是说，你的病在短期内很难彻底治好，即使长期治疗，也只能苟延岁月。曹操的病果真那么严重了吗？
据中医界人士讲，“头风”病确实比较顽固，在古代的医疗条件下，想要彻底治愈确实很困难，华佗虽为神医，也未必有治愈的良策。但若说即使“恒事攻治”，也只能苟延岁月，死期将近，就未免危言耸听了，很明显有要挟的成分在内。
在文章中，林振清认为，华佗正是想利用为曹操治病的机会，以医术为手段，要挟曹操给他官爵。曹操后来说，“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重”,意思是说，华佗能治好这病，他为我治病，想借此抬高自己的身价。这说明曹操当时是明白华佗的言外之意的。但是他并没有立即满足华佗的要求。
于是，华佗便以收到家书，想回家小住几天为借口，请假回家，到家后又托辞妻子有病，一直不回，对曹操进行再度要挟。曹操依照汉律，以“欺骗罪”和“不从征召罪”判处华佗死刑，华佗服罪伏诛。
据《三国志》记载，华佗回家后，曹操曾经多次写信催他回来，还曾命令郡县官员将华佗遣送回来，但是华佗还是不肯回来。
曹操大怒，派人前去查看，如果华佗的妻子果真病了，就赐给四十斛小豆，并放宽期限；如果华佗说谎，就拘捕押送他回来。于是华佗就被交付许县监狱，审讯后本人认罪。荀彧替华佗向曹操求情，曹操不理，将华佗给处死了。
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