由于目前对功能性便秘病因研究不完全明确，所以临床多采用对症治疗，治疗方法包括改变饮食、生活习惯，药物治疗、手术治疗、灌肠或生物反馈等治疗。
一、药物治疗
1、容积性泻剂和渗透性泻剂：适用于轻型便秘者，副作用少、可较长时间使用。
容积性泻剂如车前子；
渗透性泻剂常用聚乙二醇、乳果糖、甘露醇等，这些药物不被肠道吸收，可吸附水分或通过增加肠道内水分，使大便容量增加，促进肠运动。
2、促动力药：高选择性5-HT4受体激动剂如普芦卡必利，还有莫沙必利等，能增加肠道动力、缩短结肠传输时间，对慢传输型便秘有效。
3、刺激性泻剂：该类药物具有增加水分分泌，促进肠道动力的作用，如比沙可啶、番泻叶、麻仁丸等，导泻作用较强，可短期、间歇使用。
蒽醌类刺激性泻剂长期滥用，会导致药物依赖，并造成结肠黑变病。
4、粪便软化剂：开塞露、甘油栓也是临床常用的通便手段，可起到润滑刺激肠道的作用，软化粪便，使粪便易于排出。
适用于年老体弱及伴有高血压、心功能不全等排便困难的患者。
5、微生态制剂：可改善肠道内微生态，促进肠道蠕动，有利于缓解便秘的症状，可用于老年人慢性便秘的辅助治疗。
二、手术治疗
当患者症状严重影响工作和生活，且经过至少6个月严格的非手术治疗无效时，可考虑手术治疗。手术方式包括全结肠切除、结肠次全切除术。
手术能改善患者便秘，恢复结肠传输时间，但手术具有潜在风险，因此要严格掌握手术适应症，术前全面检查评估结直肠解剖结构和功能。
三、中医治疗
1、可使用补益中焦、升清降浊温补脾肾、滋阴润肠、清肝泻火的药物。
2、灌肠疗法：遵医嘱将生白术、桃仁、肉苁蓉等制成煎剂，用时加温至40℃，进行灌肠，药液在肠道内保留20分钟后可排出大便。
3、敷贴疗法：将中药方剂制成糊，放于肚脐正中央，外敷无菌纱布，用胶布固定。
四、其他治疗
1、日常行为治疗：建立正常的排便习惯，每日定时排便，排便时避免看手机、看书等行为。
2、清洁灌肠或洗肠：对有粪便嵌塞或严重出口梗阻型便秘患者，需采用清洁灌肠或洗肠。
3、生物反馈治疗：生物反馈是通过检测肛门直肠功能使患者了解自己的生理异常，学习纠正这种异常的方法，可使直肠对扩张刺激更敏感、重建直肠肛管反射，改善排便时肌群的协调运动，增加排便次数。
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