南通大学附属医院由清末状元张謇先生创建于1911年，是一所省属综合性教学医院，是江苏省卫计委指定的苏中地区医疗技术指导中心。
1994年被卫生部首批评定为三级甲等综合性医院，1998年被确定为国际紧急救援中心网络医院。
医院实际开放床位2035张，占地面积9.1万平方米，建筑面积18.7万平方米。2017年总诊疗人次200万，出院病人10.1万人次，住院手术4.4万台。
现有职工3000多名，其中正高级职称270余人，享受国务院特殊津贴专家25人，博士生、硕士生导师300余人。
医院新一届领导班子任职以来，确立了以医疗为中心、以科技创新和人才培养为两翼的“一体两翼、强体健翼”发展战略，紧跟医药卫生体制改革形势，以综合目标管理责任制考核指标为抓手，扎实推进“医疗服务品牌建设工程”，坚持公立医院的办院方向，认真落实发展任务，不断加强基础管理，统筹推进学科建设、人才培养、技术进步，医疗质量与安全持续改进，科教兴院成效显著，党建与廉政行风建设扎实有效，医院文化特色鲜明。
临床医学为江苏省重点学科、博士学位授权一级学科，ESI排名跻身全球前1%，且排名不断前移。医院手外科为江苏省临床医学研究中心;神经疾病诊疗中心为江苏省“科教强卫工程”十大“临床医学中心”之
一，手外科、医学检验科、血液科、眼科为省“科教强卫工程”医学重点学科;普外科、骨科、眼科、消化内科、血液内科、医学检验科、心血管内科、神经内科、皮肤科、肾脏内科、呼吸内科、妇产科、神经外科、急诊医学科、医学影像科、耳鼻咽喉科、心胸外科、肿瘤科、整形外科、重症医学科、风湿免疫科、康复科、儿科、病理科等24个专科为省级临床重点专科。
医院首批通过国家卫计委干细胞临床研究机构认证，是国家高级卒中中心、中国胸痛中心、心衰中心、房颤中心、国家脑防委心源性卒中防治基地建设单位、江苏省孕产妇危急重症救治指导中心和江苏省创伤救治中心。
医院先后建成国家级博士后科研工作站、博士后科研流动站。拥有省“333工程”人才38人;省特聘医学专家3人;省“科教强卫工程”医学创新团队2个，医学重点人才2人;省“六大人才高峰”项目资助80人。
现任中华医学会专科分会、专业学组委员及以上职务32人次(其中骨科分会副主任委员1人)、省医学会专科分会副主任委员及以上职务32人次(其中主任委员1人、候任主任委员5人)，省口腔医学会专业分会主任委员1人。
医院先后荣获全国改善医疗服务创新医院奖、全国卫生系统先进集体、全国医院管理年活动先进单位、全国医院文化建设先进单位、全国医院法制建设先进单位、全国纪检监察纠风工作先进集体、全国模范职工之家、全国医药卫生系统创先争优活动先进集体、省卫生系统先进集体、省医院管理年活动先进单位、省、市文明单位、省卫生系统先进党组织、市民主评议政风行风先进单位、市“无红包医院”创建工作先进集体等荣誉。
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