一、原因：
1、曹操以孔融不孝的罪名把他杀了。
孔融的观点是：“母亲与孩子的关系，就像容器和里面装的东西一样，分开就没有什么关系
而父亲则是想满足自己的某些欲望才生了孩子，所以，如果只有一样事物，如果父亲不好，就把食物给对自己好的人。
而曹操本来就看孔融不顺眼，所以就借这个不孝之名把孔融杀了。
2、主要是因为孔融自视清高，经常讽刺挖苦曹操，语言刻薄，说风凉话，对曹操的政治路线，重大决策公开表示反对。所以，主要原因还是孔融与曹操的政治想法不一致。不孝只是个幌子。
二、详解：
孔融主要是因为侮慢曹操 而被曹操所杀。
建安九年(204年)八月曹操进攻邺城屠杀邺城居民。曹操的儿子曹丕私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融写信给曹操，说:"武王伐纣，把妲己赏赐给周公。"曹操不明白，后来问孔融这出于何经何典。孔融答说:"按现在的事情量一量，想当然而已。"
公元207年(建安十二年)，曹操北讨乌桓，孔融又讥笑他说:"大将军(曹操)远征，萧条海外，从前肃慎不进贡木苦矢，丁零偷盗苏武的牛羊，可以一并讨伐啊!"当时，饥荒战乱，曹操上表请禁酒，孔融多次写信给曹操，认为不要禁酒，而且言词之中多为傲慢无礼。
孔融看到曹操奸雄诡诈，不能忍受，所以说话偏激，常常触犯了曹操。又曾经上奏认为应当遵照古时京师的体制，千里以内，不得封建诸侯。曹操怀疑他所谈论的越来越广，更加害怕他。然而，因为孔融名重天下，表面上装着容忍，暗中却嫉忌他的议论，怕其阻抗自己的大业。山阳人郗虑揣摩曹操的心事，以蔑视国法为由奏免孔融。曹操又写信故意挑拨二人，孔融也回信相对。
曹操既积满了一肚子的猜疑忌妒，加上郗虑的诬陷，曹操于是指使丞相军谋祭酒路粹枉奏孔融以"招合徒众"，"欲图不轨"、"谤讪朝廷"、"不遵超仪"等罪名，于208年9月26日将孔融处死，并株连全家，孔融时年五十六岁。
孔融之死孔融本身也有责任，他豪放不羁，经常做出一些蔑视礼教、离经叛道的事。如孔融说：父与子有何恩情？不过是当时的情欲发作而已。之类的话。
但主要是因为孔融自视清高，经常讽刺挖苦曹操，语言刻薄，说风凉话，对曹操的政治路线，重大决策公开表示反对。
三、人物简介：
孔融（153年－208年9月26日），字文举。鲁国（今山东曲阜）人。东汉末年文学家，“建安七子”之一，家学渊源，为孔子的二十世孙、太山都尉孔宙之子。
孔融少有异才，勤奋好学，与平原陶丘洪、陈留边让并称。汉献帝即位后，任北军中侯、虎贲中郎将、北海相，时称孔北海。在任六年，修城邑，立学校，举贤才，表儒术，后兼领青州刺史。建安元年（196年），袁谭攻北海，孔融与其激战数月，最终败逃山东。不久，被朝廷征为将作大匠，迁少府，又任太中大夫。性好宾客，喜抨议时政，言辞激烈，后因触怒曹操而为其所杀。
孔融能诗善文，曹丕称其文“扬（扬雄）、班（班固）俦也。”散文锋利简洁，代表作是《荐祢衡表》，其六言诗反映了汉末动乱的现实。原有文集已散佚，明人张溥辑有《孔北海集》。
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