第一话：伪りの平和
C.E.70年，“染血的情人节”的悲剧直接导致地球与PLANT之间的紧张关系上升为武力冲突。谁都没有怀疑地球军将会以数量优势取得胜利。但是，实际的情况却与各方的预测背道而驰，11个月过去了，战局依然僵持不下……
C.E.70年，追求政治经济独立的PLANT以“染血的情人节”事件为契机，与地球联合之间正式爆发了武装冲突。拥有MS的ZAFT军在各地都对联合军取得了压倒性的胜利，使得各方原先“地球军将会以数量优势取得胜利”的预测彻底落空了。11个月过去了，战局依然呈现胶着状态。
大和吉良是在中立国奥布的资源卫星赫利奥波利斯上生活的一名普通的工业专科学校的学生。某一天，在前往研究室的时候，吉良被卷入了ZAFT军夺取高达的作战之中。
利用突袭所产生的混乱，ZAFT军很快夺取了5架高达中的3架。此时，正在寻找避难场所的吉良偶然发现了剩下的两架高达，而前来夺取高达的ZAFT军人之一，竟是他幼时的好友阿斯兰·萨拉。
第二话：その名はガンダム
吉良与地球联合军的军官玛琉一起乘上唯一未被夺走的强袭高达，离开了陷入爆炸之中的工场。但是，ZAFT军的MS正守候在工场外面。负伤的玛琉无法操作强袭高达，危急时刻，吉良代替玛琉开始驾驶强袭高达，并修正了高达的操作系统。潜在能力被解放出来的强袭高达轻而易举地击破了ZAFT军的MS。然而，危机解除后，吉良和他的朋友们却被玛琉以涉及军事机密而“挟持”。
同一时刻，前来接收高达的大天使号的残余人员在娜塔尔少尉的带领下，启动了大天使号；得知消息的穆也回到了赫利奥波利斯的内部对大天使号进行援护。大天使号与ZAFT军就在殖民地卫星的内部展开了激战
第三话：崩壊の大地
在与ZAFT军的拉乌激战的时候，吉良驾驶强袭高达将赫利奥波利斯的壁轰开了一个大洞。惊讶于强袭高达的威力的拉乌选择了撤退。
吉良等人登上了大天使号。正当众人惊诧于驾驶强袭高达的吉良只是个孩子的时候，穆看出了吉良是新人类。
感觉到高达的威胁的拉乌选择了再度攻击大天使号，阿斯兰也驾驶着刚强夺来的圣盾高达随队一同出击。
由于操作系统被吉良修改过，其他人根本无法驾驶强袭高达。随着敌人的临近，已决定不再驾驶高达的吉良不得不再度出击。
吉良与阿斯兰，曾经的朋友在战场上再次相逢。激烈的战斗中，早已伤痕累累的赫利奥波利斯开始解体。
第四话：サイレントラン
带着赫利奥波利斯解体时逃出的一艘救生舱，吉良回到了大天使号上，吉良等人的同学芙蕾也在这艘救生舱里。大天使号选择前往友军的军事卫星阿尔特弥斯要塞；但这个行动被拉乌识破，并针对大天使号的路线立下了行动方案。
作为友人，阿斯兰一心希望吉良能回到新人类这边来，因此对于拉乌的质问，他的回答是将说服吉良。
被识破计划的大天使号遭到拉乌队的夹击。为了减轻吉良的负担，多尔等人志愿来到舰桥协助玛琉等人工作。被朋友们的行动及穆的言语所触动的吉良，决定继续驾驶强袭高达作战。
第五话：フェイズシフトダウン
在强袭高达面前出现的是被夺走的四架高达。混战中，先行出击的穆出其不意地袭击了ZAFT军的威萨利乌斯号，但伊扎克和迪亚克无视撤退命令，继续攻击吉良。能量消耗严重的强袭高达解除了相转移装甲，危急中，圣盾高达变形为MA形态强行将强袭高达带走。在穆的援护下，强袭高达利用换装补充了能量，艰苦地将伊扎克等人击退
第六话：消えるガンダム
艰难地摆脱了ZAFT军的追击的大天使号逃入阿尔特弥斯要塞，然而在这里等待着他们的是友军士兵的枪口。虽然同在地球联合内，但玛琉等人所属的是大西洋联邦，而阿尔特弥斯要塞则是欧洲联邦的势力范围。想要获取高达的机密的阿尔特弥斯要塞司令加尔西亚软禁了大天使号上的成员。
克鲁泽队的尼科尔利用自己驾驶的迅雷高达特有的“海市蜃楼系统”破坏了阿尔特弥斯要塞的全周围光波防御带发生系统，吉良趁隙驾驶强袭高达出来迎战。但决战高达及暴风高达此时已开始对要塞展开攻击。在大天使号逃离之后，曾经夸称“难攻不落”的阿尔特弥斯要塞开始崩坏。
第七话：宇宙の伤迹
利用ZAFT军攻击阿尔特弥斯要塞的间隙，大天使号暂时逃离了克鲁泽队的攻击。然而舰内却出现了物资严重不足的新情况，为了解决这一问题，穆提出了利用位于碎石带上的废弃舰船上的物资的方案。
另一方面，返回PLANT述职的拉乌和阿斯兰，在国防委员长帕特利克·萨拉的指使下片面陈述了赫利奥波利斯事件。PLANT最高评议会内，强硬派势力开始抬头。
为从“尤尼乌斯7”的残骸中搬运物资的多尔等人担当哨戒任务的吉良遭遇了一架侦察型金。为了保护多尔等人，吉良将侦察型金击毁。在现场还发现了一艘救生舱，吉良将其带回到大天使号上。
第八话：敌军の歌姫
在救生舱里的人是PLANT最高评议会议长西格尔·克莱恩的女儿、阿斯兰的未婚妻拉克丝·克莱恩。天真烂漫的拉克丝即使在敌对方的大天使号上也没有丝毫的不安感，而对拉克丝抱有敌意的也仅有芙蕾一人。
作为拉克丝的未婚夫，在威萨利乌斯号的维修期间进行短暂休整的阿斯兰因拉克丝失踪一事被紧急随队派往碎石带进行搜索。而此时的大天使号，也与第八舰队的先遣队联系上了
第九话：消えていく光
盼望已久的救援即将到来的消息使大天使号舰内一片轻松。芙蕾的父亲，地球联合外务次官乔治·阿尔斯塔也随先遣队一同前来。但就在两方汇合之际，克鲁泽队对先遣队和大天使号发动了攻击。
芙蕾劫持了处于被软禁状态的拉克丝来到舰桥上，希望以拉克丝为质换得父亲的安全，但就在此时乔治·阿尔斯塔所乘坐的“蒙哥马利”号被击沉。在先遣队全灭、大天使号也岌岌可危的情况下，娜塔尔以拉克丝为人质，对克鲁泽队通讯，要求停火。
第十话：分たれた道
因顾忌到拉克丝的人身安全，克鲁泽队停止了对大天使号的攻击。芙蕾将父亲的死归咎于吉良不肯全力作战。
吉良与被软禁的拉克丝相遇，言谈之中自然而然地回忆起了阿斯兰。得知两人关系的吉良决意将拉克丝送回PLANT。通过塞等人的帮助，吉良驾驶着强袭高达将拉克丝还给了阿斯兰。真正的诀别之后，被命运捉弄的两人走上了截然不同的道路。
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